Za ugrožene spomenike Komisija je u 2003. godini pokrenula kampanju za njihovu zaštitu, s ciljem edukacije o važnosti naslijeđa za očuvanje identiteta Bosne i Hercegovine te osiguranje finansiranja/donacija za njihovu rehabilitaciju.

Aktivnosti Komisije obuhvataju predstavljanje ugroženih nacionalnih spomenika širokoj javnosti putem izložbi, održanih u Sarajevu, Palermu i Washingtonu. Izložbe su praćene katalogom sa osnovnim informacijama o radu Komisije i o ugroženim spomenicima, video prezentacijama o nacionalnim spomenicima koje je Komisija uvrstila na listu ugroženih dobara, distribucijom razglednica sa primjerima ugroženih nacionalnih spomenika i inicijalnih prijedloga projekata za zaštitu tri najugroženija spomenika: Most u Višegradu, Stari grad Stolac i Tvrđava u Jajcu.